昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为“昆明市传染病医院”，1986年更名为昆明市第三人民医院，2003年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审，是“云南省传染病临床医学中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”，2023年3月正式授牌成为国家感染性疾病临床医学研究中心云南省分中心，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院分为吴井、长坡两个院区，编制床位1200张，2023年职工总数1341人。医院有省级重点专科4个（感染性疾病科、传染科、传染病重症医学科、老年病科）和培育项目1个（结核病科）。

医院先后于2019年和2022年完成药物和医疗器械临床试验机构首次备案，医疗器械临床试验机构备案号：械临机构备201900047，药物临床试验机构备案号：药临床机构备字2022000127），至今，已完成肿瘤科、传染科-肝炎专业、呼吸内科、结核病科4个专业的药物临床试验备案及检验科、骨科、心血管内科3个专业的医疗器械临床试验备案。机构办公室通过与省内外机构的交流与学习，不断优化院内临床试验流程，健全运行管理体系，致力于为临床试验打造高效、快速的绿色通道。立项到启动时长1个月左右，伦理初审为会议审查，有项目即审，伦理批件最快当天可领取。立项后，伦理审查、合同审核等程序可同步进行，加快启动进程。